Оказалось, что спрайты объектов можно заменять лишь по принципу «всё или ничего». Если требовалось, чтобы мод имел как оригинальные спрайты из Doom, так и новые, поступали так: пользователь запускал специальную утилиту, и она собирала WAD-файл. А в небольшие WAD, состоящие из одного-двух уровней, пользовательским спрайтам путь заказан: копировать несколько мегабайт спрайтов ради одного объекта нецелесообразно. Это не относится к звукам, текстурам, элементам меню и т. д. — их можно свободно заменять. Эта ошибка исправлена в многочисленных любительских версиях игры.

Интересно, что через несколько недель после выхода Doom II обсуждение в Usenet мода Alien Doom (вышедшего практически одновременно с Doom II) было даже более активным, чем самого Doom II.

Впоследствии id Software выпустила несколько дисков Masters of Doom, заполненных лучшими самодельными WAD’ами.

Также были выпущены исходные тексты сетевых драйверов (IPXSETUP и SERSETUP), что давало возможность писать свои сетевые драйверы. В частности, любителями были написаны драйверы для таких экзотических способов связи, как параллельный порт (PARSETUP), и даже для игры нескольким (трём и более) игрокам по цепочке из COM-кабелей (HX8).

Правила игры в Doom жёстко зашиты в EXE-файл. Однако, была разработана программа Dehacked, которая позволяла менять свойства объектов (а также изменяла некоторые параметры игры). Без этой программы многие моды были бы просто невозможны. В частности, Dehacked позволил ввести в игру часовые бомбы, летящие по параболе гранаты, огнемёт, замаскированных под бочки монстров-камикадзе и другие экзотические функции.

Обратной строной открытости стало читерство в сетевых играх. Поведение мыши сильно зависит от драйвера, и у каждого из сильных игроков под DOS есть любимый игровой драйвер. Когда на одном из чемпионатов было разрешено приносить свои драйверы, мероприятие оказалось практически сорванным: многие под видом драйверов мыши приносили «наводчики».